基因编辑到底会不会脱靶？中国科学家用最新研究给出了解答

自从以CRISPR/Cas9为代表的基因编辑技术被发明以来，有一个词就像幽灵般盘旋在这个领域中，那就是“脱靶”。人人都讨论它，人人都害怕它，但却没人看得到它。

图 | Pixabay

然而在昨天，这个幽灵终于被人抓住了，中科院神经所杨辉实验室团队与合作者开发了一套名为GOTI的新技术，让基因编辑的脱靶从此无所遁形，相关论文发表在3月1日的《科学》（Science）上[1]。

GOTI新技术让基因编辑的脱靶从此无所遁形。

在2004年雅典奥运会男子50米步枪三姿决赛中，美国选手埃蒙斯遥遥领先，到了要打最后一枪的时候，他已然遥遥领先第二名整整三环。胜卷在握的他屏息凝神开了这一枪，又一次把子弹准确送到了差不多是靶心的位置，然而他的记分牌上却显示出一个匪夷所思的成绩：

脱靶。

原来埃蒙斯犯了一个莫名其妙的错误——他最后一枪打在了别人的靶子上。

奥运会的顶尖选手如此，生命科学的顶尖技术亦是如此。

近年来很火的技术“基因编辑”，就有这个问题。尽管以CRISPR/Cas9等为代表的新一代基因编辑以精确著称，但它们时不时就是会犯这种“打到别人靶子上”的毛病——我们本来要让它去编辑A基因，但它却意外搞坏了B基因。

基因编辑的脱靶和奥运选手的脱靶一样都是极小概率的事件，但常在河边走哪能不见鬼，每一次基因编辑操作，本质上都是成千上万的基因编辑工具对着成千上万的细胞做了成千上万次编辑，焉能保证次次不失手呢？

奥运选手脱靶最多丢块金牌，基因编辑脱靶了，丢的没准就是性命了。然而基因编辑技术宛如一辆势不可挡的战车，正以雷霆万钧之势向着临床领域疾驰而来。

然而这历史的车轮真的不能挡吗？又该不该挡一下呢？

还是拿奥运会打个比方吧，虽然奥运选手脱靶是个小概率事件，但是只要观察的次数足够多，就能够统计出他平均中靶多少次会出现一次脱靶，这个就是就叫做“脱靶率”。

知道了脱靶率，我们才能制定一个标准。比如说规定平均一万枪内不能出现超过一次脱靶，张三脱靶率是千分之一，那他就不合格；李四脱靶率千万分之一，那他就值得信赖。

然而颇显尴尬的是，这么多年来，无论是支持基因编辑脱靶还是反对基因编辑脱靶，大家很大程度都只凭着一种“信仰”，却从来没有人真正弄清过基因编辑的脱靶率到底是多少。

这是因为，基因编辑的脱靶率真的太难检测了。

射击运动员的脱靶率可以直接“数”出来，基因编辑的脱靶率该怎样计算呢？也许有人会说，这很简单呀，把一批样本分成两组，一组做基因编辑，一组不做，然后比对一下两组的基因差异不就成了么？

2017年， Bassuk等几位科学家还真就这么干了[2]，他们用CRISPR/Cas9技术编辑了几枚小鼠的受精卵，等这些受精卵发育成小鼠出生后检测了它们的基因，并将其与同一品系的其它小鼠作对比，结果居然发现了“一千多处难以预料的基因突变”。

尽管这个结果立马成了各大媒体的头条，但它却受到了学术圈内一致的口诛笔伐，因为这个检测犯了一个很低级的错误：世界上没有两只基因完全一样的小鼠。Bassuk的实验无法区分比对出来的基因差异究竟来自于基因编辑，还是小鼠之间本来就有的个体差异。

在一片指责声中，来自中科院神经科学研究所杨辉实验室的博士后左二伟（还记得吗？就是那个敲染色体的  ）却萌生了一个清奇的想法，当时他一拍大腿说，艾玛好机会啊，只要立刻用非常严谨的科学方法重做一下论文的工作，然后得出否定的结论反驳它，不就白捡一篇Nature methods嘛。

做着做着，他就发现，这个“非常严谨的科学方法”其实并不简单（不然早几年全世界的科学家不就早该做了么）。更惨的是，他的工作铺开没过多久，Bassuk的论文就被撤稿了（详情请见：）。

不过，左二伟博士还是决定研究下这个问题，世界上不是有一句魔咒叫做“来都来了”嘛，顺便做做看吧……

经过与导师的讨论，一个可以精准检测脱靶的方案还真的慢慢成型了。然而正是在左二伟博士“顺便”研究脱靶问题的这段时间里，基因编辑临床化的脚步却在日益加快。

2018年1月，美国批准了宾州大学一项利用CRISPR/Cas9修复免疫缺陷的临床试验。

2018年8月，欧洲多个国家批准了张锋的CRISPR Therapeutics公司的用CRISPR/Cas9治疗β地中海贫血症的临床试验。

2018年11月，解放军总医院的基于基因编辑T细胞治疗癌症的临床试验申请也被通过。

更遑论2018年11月份，原南方科技大学副教授贺建奎公然宣布自己做出了人类首例基因编辑婴儿。细思极恐的是，贺建奎之后，居然还有不少力挺他的声音，其中不乏国际最顶尖的科学家。

张锋和David Liu等等也是极大地加快了基因编辑临床化的速度。

张锋在他的实验室中 | sciencenews.org

毕竟，谁第一个取得了临床化基因编辑的突破，谁就率先霸占了一块医疗的制高点，这其中的利益真的太诱人了。乃至一时之间万马奔腾，有些人似乎已经不在乎这其实还是一项风险未知的技术了。

突然之间，左二伟博士乃至整个杨辉实验室都好像无意中站在了历史的节点上，这个随手做做的课题突然将会变得足以决定这个领域的历史走向——

检测出来如果证明基因编辑不易脱靶当然皆大欢喜，但如果证明它容易脱靶呢？且不说杨辉自己实验室里那些涉及基因编辑向临床转化的课题将面临考验，还可能由此在行业内掀起一场地震。

最终，左二伟博士在与导师杨辉研究员以及所长蒲慕明等人商议后，大家还是决定继续做下去，毕竟……

得有人站出来承担这个责任呀。

阻碍检测脱靶率的，除了“个体差异”外，还有另一个障碍。

什么障碍呢？我们继续用射击做比方：能得分的目标靶子通常是唯一的，而目标外的“别人家的靶子”可就是千千万万各有不同了。想象一下，如果随便撒一把CRISPR/Cas9去编辑十万个细胞的基因，假设每个都脱靶，且这些脱靶都是随机产生的，那么这十万个细胞最多就会有十万种脱靶，每一种脱靶形式只占了所有样本的十万分之一，这种微乎其微的异常几乎不可能被检测出来。

因此，脱靶检测需要依赖所谓的“单细胞测序”，通俗来说，就是实验组和对照组都只有一个细胞。这样的对比当然就能很容易发现差别，但是很显然，一个细胞那一丁点DNA是根本不够拿来检测的。为了解决这个矛盾，就要用到“体外扩增”技术，把那一丁点DNA样本复制成千上万份，直到数量满足检测所需为止。

但是，人类发明的任何体外扩增体系都是不完美的，无法做到100%精确拷贝最初的DNA样本，每一次复制都会带入一丁点错误。就像复印文稿总比原稿品质差一些一样，经过千万次复制再复制，就足以让这份DNA样本变得面目全非，干扰检测结果。

多次下载图片再重新上传也会导致图片文件出现明显的“劣化”。

这一切引入的“噪音”甚至比脱靶信号本身还要高出好几个数量级，这宛如是在汪洋大海中寻找一滴水一般。

找到这滴水的唯一办法就是让大海（各种干扰因素）消失。左二伟博士与导师杨辉还真的想到了一种绝妙的方式，同时解决了这三个问题。

为了避免个体差异，我们又需要找到两个基因一模一样的细胞，为了凸显脱靶的信号，我们又需要用到“单细胞测序”，然后我们还不能用体外扩增来复制这两个细胞的DNA，却又需要很大量的DNA样本来做测序分析。

首先最容易解决的就是找两个基因完全一模一样的细胞。我们知道，多数动物都是从一个受精卵发育而来的，这个受精卵一分为二，二分为四……等等，在它一分为二的时候，我们称之为“二细胞期胚胎”阶段，不就是两个现成的基因一模一样的细胞吗？

只要向其中一个注射基因编辑工具，另一个就是世界上最佳的对照。

其次，一个细胞的DNA不是不够检测么？没关系，注射完毕后我们直接把这个二细胞胚胎植入母鼠的子宫当中，让它正常发育，这样得到的小鼠胚胎中，理论上就有一半细胞经历过基因编辑，另一半则没有经历过过。

这时候，左二伟博士直接将发育长大的小鼠胚胎取出来，用一些特殊的酶消化成一大堆分散的细胞。利用一些方法，我们可以追踪当时那两个细胞的后代，从这一堆细胞中将它们俩各自的后代分成两拨。由于这两拨细胞也是之前的细胞分裂而来，所以它们的基因就相当于是最初那个细胞的复制品。

这也顺便解决了第三个问题，裂解掉这一大堆足以构建出半个小鼠胚胎的巨量细胞，一次性就能提取到足够测序分析的DNA，从而避免了体外扩增带来的噪音。

在神经所蒲慕明所长的建议下，研究团队将这套系统命名为GOTI。可以说，这套系统的推出，标志着人们终于得以用数字来衡量基因编辑的脱靶率。

GOTI的技术流程：在二细胞期向一个卵裂球注射基因编辑工具，并用CRE使之本身以及后代细胞都发出红色荧光。等小鼠胚胎发育到14.5天后取出母体，利用流式细胞仪将两个卵裂球的后代分开，并各自全部消化掉提取DNA来做测序分析。

终于到了检测工具一显身手的时候。它接下来要帮助人们回答的关键问题就是：那些常见的基因编辑工具真的会脱靶吗？在GOTI的神威下，一切清晰了起来。

首先，值得庆幸的是，最经典的spCas9系统经受住了考验。结果显示，它引起异常基因突变的可能性不高于小鼠自身细胞分裂带来的本底基因突变。就是说，从目前的检测结果来看它是安全的。

CRISPR-Cas9系统已经成为目前最方便的基因编辑工具 | origene.com

与此同时最令人大跌眼镜的发现是，另一类叫做单碱基突变系统（Base Editor）的基因编辑工具有着异常高的脱靶率。所谓的单碱基突变系统，大致上可以理解为我们先设计一个只能精确靶向但不会切割DNA的Cas9蛋白，然后让这个Cas9蛋白牵着一个能够通过化学方法将某个碱基定向突变（比如A→T）的酶来给DNA链中引入点突变。

原本这套系统因为不会引入DNA断裂，被视为特别安全的一类基因编辑技术，人们从来不觉得它会脱靶，之前的脱靶检测也完全没有发现它有任何脱靶的迹象。因此以刘如谦（David Liu）等为代表的一群科学家长期都在致力于将这项技术作为基因编辑向临床进军的急先锋。

通过检测发现，经典的CRISPR/Cas9并没有显著的脱靶现象，但是单碱基编辑系统BE3则出现了高出背景基因突变水平数倍的脱靶现象。

这时候研究团队才突然意识到，就算Cas9没有在sgRNA带领下跟任何DNA序列结合，那个能够引起碱基定向改变的酶也依旧存在，它完全可以像任何在细胞里游离的酶一样，让任何偶然接触自己的碱基发生化学反应。这样的系统天然就有高脱靶率的，可能之前大家对“没有DNA链断裂就没有脱靶”形成了思维定势，才会忽视这一安全漏洞。

长久以来，因为缺少令所有人都信服的脱靶检测技术，基因编辑的脱靶问题被吵吵嚷嚷了五年多，也让这个领域在此期间一直处于野蛮生长的状态。

如今，GOTI出现了，规则还会远吗？

参考文献：

作者：鬼谷藏龙

编辑：Yuki